Questa chiesa nacque con il vicino convento dei primi del XVI secolo per opera dei padri carmelitani. Essi originari dell’oriente precisamente della Palestina, giunsero a Francavilla intorno al 1517 e costruirono una chiesa con un piccolo convento poco fuori le mura cittadine. Con la soppressione napoleonica degli ordini religiosi del primo decennio dell’ottocento i carmelitani andarono via dalla città dopo ben tre secoli di permanenza, ma vi ritornarono nel 1818 fino a quando nel 1861, con la formazione del nuovo regno d’Italia tornò la soppressione degli ordini e i padri carmelitani furono costretti ad abbandonare la città e da allora non vi fecero più ritorno. Il loro convento fu trasformato in ospedale civile e la chiesa venne affidata alla congrega del Carmine che ne curò la gestione sino a quando fu istituita alla parrocchia nel 1947.