Le origini della chiesa sono medievali, infatti essa fu ricostruita proprio sul luogo dove in precedenza era stata eretta per volontà di Filippo d’Angió, ai primi del 1320, una chiesa per frati minori dedicato a San Francesco. Soppressi gli ordini religiosi nel periodo napoleonico i francescani abbandonarono la chiesa e solo successivamente rientrarono. Questi ultimi avviarono un progetto di rinnovazione della chiesa con l’intento di ampliarla apportando importanti modifiche. Nel 1854 fallito un primo tentativo di costruzione a cui seguì un rovinoso crollo, i padri di Sant’Alfonso ricostruirono la chiesa senza però completarla. Fu così abbandonata per diversi anni e conclusa solo nel 1924.